Suas investidas despertaram a ira dos líderes religiosos, como também das autoridades governamentais, sendo que estes eram, em muitos casos, ardentes protetores da seita Jodo e Zen. Logo, ele deparou com uma feroz oposição, embora ele continuasse a persistir na conversão de pessoas.
Foi nesses primeiros anos de propagação que os grandes discípulos como Shijo Kingo, Toki Jonin, Kudo Yoshitaka e Ikegami Munenaka foram convertidos.

 

O Japão sofreu uma série de calamidades que se iniciaram em 1256. Tempestades, inundações, secas, terremotos e epidemias impuseram  grandes sofrimentos à nação. Em 1257, um terremoto especialmente violento destruiu muitos templos, construções governamentais e casas em Kamakura. Em 1259 e 1260, uma severa fome e epidemia assolaram o povo.

 

Nitiren Daishonin acreditava que havia chegado o tempo dele explicar as causas básicas destas catástrofes. Em 1258, ele foi a Jissoji, um templo em Iwamoto, atual Prefeitura de Shizuoka, para consultar as cópias dos cânones budistas e reunir provas da verdadeira causa.

 

Durante sua estadia lá, encontrou um acólito de treze anos de idade, este impressionou-se de tal forma com Daishonin que pediu a permissão de seus sacerdote chefe para seguí-lo.

 

Daishonin deu ao jovem o nome de Hokibo, mais tarde, este se tornou-se seu legítimo sucessor com o nome de Nikko Shonin.